機内モードをオンにするとeSIMもオフになりますか？

はい。機内モードはeSIMを含むすべてのモバイル通信をオフにします。eSIMを使いながらいつもの回線のローミングを止めるには、機内モードはオンにせず、モバイル通信の設定でいつものSIMの回線だけをオフにしてください。