eSIMをPINで保護できますか？

はい。物理SIMと同じように、設定でeSIMにPINを設定できます（iPhone：設定 → モバイル通信 → 該当の回線 → SIM PIN、Android：設定 → セキュリティまたはSIMマネージャーのSIMロック）。PINは控えておいてください。忘れるとロック解除にPUKが必要になります。